Die Niebendorfer Kirche, ein ziemlich kleiner Feldsteinbau aus der Spätromanik, besteht aus Schiff, Chor und Apsis. Das Gemeindeportal nördlich am Schiff und die Priesterpforte südlich am Chor sind wie das mittlere Apsisfenster in der Vermauerung noch erkennbar. Das heutige Westportal ist nicht original und war wahrscheinlich wie bei den meisten Flämingkirchen ursprünglich nicht vorhanden. Der hölzerne Glockenturm neben der Kirche ist typisch für den Ostteil des Niederen Fläming. In der Barockzeit wurde die Kirche gründlich umgebaut. Sie erhielt große rechteckige Fenster, Strebepfeiler am Westgiebel und wahrscheinlich auch einen neuen Giebel und eine neue Mauerkrone. Ursachen könnten vielleicht Zerstörungen im Dreißigjährigen Krieg oder Schäden beim Einbau des flachen hölzernen Tonnengewölbes sein (Architektur interessierte weniger als die Ausstattung).

“Die Gestaltungsfülle scheint den kleinen Kirchenraum fast zu sprengen“ (Viola Pfeiffer, Kunsthistorikerin). Alles irgend „erlaubte“ Bildwerk in einer evangelisch-lutherischen Kirche ist hier in allerreichster Ausführung.

Zuerst geht der Blick nach oben – an der flachen Holztonne Wolkenhimmel mit Engeln nebst Spruchbändern mit Bibelsprüchen, im Schiff z.B. die Weihnachtsbotschaft (Frieden auf Erden ....), im Chor über dem Altar rings um eine Wolkenglorie der große Lobpreis Gottes aus dem Propheten Jesaja: Heilig, heilig, heilig ist der Herr Zebaoth ......, - darunter ein gemalter Baldachin über dem dreigeschossigen Altaraufsatz, der fast das gesamte Apsisrund einnimmt. Im Sinne von Luthers „Sohn`s Christus“ (allein Christus hat uns erlöst) ist dieses Erlösungswerk hier dargestellt.

An Gemälden sind unten in der Predella das obligate Abendmahl anzutreffen, daneben in der Sockelzone rechts das Gebet am Ölberg, links die Salbung von Jesu Füßen durch die Sünderin Maria Magdalena, im Mittelteil (gerahmt von gewundenen korinthischen Säulen) um die zentrale Kreuzigung links die Geißelung und rechts das Ecce Homo (Seht welch ein Mensch) des römischen Hauptmanns, darüber die Auferstehung, ergänzt durch ein Schnitzwerk (zwei Engel mit den Leidenswerkzeugen Christi, Geißelsäule und Kreuz) und ganz oben, direkt unter dem ehrenden Baldachin Gottesnamen in Strahlenglorie. Natürlich ist alles noch durch biblische Schriftworte gedeutet und kommentiert. Seitlich in den Altarwangen wird das Fazit aus dem Erlösungswerk gezogen („Glaube an den HERRN...“) und auch die Mahnung zum würdigen Abendmahlsempfang aus dem ersten Korintherbrief („Der Mensch prüfe sich selbst....“) erhoben. Unten rechts und links Sprüche, die auf den Abendmahlsumgang hindeuten. Darüber hinaus ist noch reiches Ornament anzutreffen: Akanthusblätter und Blumen.

Von Bedeutung ist auch die Kanzel am Triumphbogen auf gedrehter Säule. Am achteckigen Kanzelkorb sind Christus und die vier Evangelisten dargestellt. Christus ist nicht wie sonst in der Mitte der Evangelisten anzutreffen, sondern seitlich am Durchgang zum Altar (auf dem Weg zum Altar sichtbar) und die Evangelisten sind ohne ihre Symbole nur durch Unterschrift zugeordnet. Am Schalldeckel der Kanzel befindet sich ebenfalls reiches Ornament, unten eine Taube als Symbol des Heiligen Geistes und die Kanzel bekrönend der Pelikan als Christussymbol.

Eine Sanduhr, die in vier Röhrchen unterteilt ist, wobei der Inhalt des ersten Röhrchens in 15 Minuten, der des zweiten Röhrchens in 30, der des dritten Röhrchens in 45 Minuten und der des vierten Röhrchens in einer Stunde durchgelaufen ist. Diese Uhr, mit der die Predigtzeit gemessen wurde, ist sichtbar für die Kirchbesucher und den Pfarrer an der Kanzel angebracht. Unter der Kanzeltreppe befindet sich das Pfarrgestühl, das gleichzeitig als Beichstuhl diente. Erkennbar auch an den dortigen Bibelsprüchen („Meine Schafe hören meine Stimme, und ich kenne sie“ und „Welchen ihr die Sünden erlasst, denen sind sie erlassen“).

Die geschlossene Patronatsloge (für die Adligen) befindet sich aufgrund der geringen Ausmaße der Kirche ausnahmsweise nicht gegenüber der Kanzel, sondern unter der Orgelempore im Westen mit Bandlwerk- Bemalung, dazwischen gedrehte Säulchen wie auch an den Brüstungen der Emporen. Es existierte auch eine offene Patronatsloge, die für die Kirchenältesten vorgesehen war.

An der Außenwand der Niebendorfer Kirche befindet sich eine Gedenktafel der Gefallenen im Ersten Weltkrieg. Sie ist aus Holz und mit Holzbildhauerarbeiten verziert. Die Anzahl der Sitzplätze beträgt in der Niebendorfer Kirche 110. Ein neues Gestühl wurde im Jahr 1967 eingebaut

Ablauf der Restaurierungsmaßnahmen an und in der Dorfkirche Niebendorf

Nachfolgend einige Auszüge aus den Visitationsberichten über die Niebendorfer Kirche (Acta betreffend die Kirchen- und Schulvisitationen in der Parochie Baruth Heinsdorf Nr. 3):
24. Mai 1820 „Die Kirche zu Niebendorf ist ebenfalls in einem guten Zustand. Da jedoch der Kirchhof zu enge befunden und einer Erweiterung bedurfte, so ist noch Raum zu dieser Erweiterung vorhanden. War diese Erweiterung sofort veranlasst worden.“
12. Juli 1823 „Die Kirche ist reinlich und hat ein freundliches Aussehen.... Der Kirchhof, welcher ebenfalls der Begräbnisplatz des Dorfes ist, ist für das hiesige Dorf groß genug und seine Umzäunung wird gut unterhalten.“
28. Juli 1826 „Das Gehege des Kirchhofs war gut unterhalten.“
07. Juli 1829 „Es ist aber nötig, dass sie (Kirche) neu getüncht werde, weil der Kalk an einigen Stellen der Mauer abgefallen ist.“
02. Juli 1844 „Hierbei ist es zur Belobigung dieser Gemeinde zu bemerken, daß sie die eine der Kirchenglocken, die schadhaft geworden war, entfernt und auf ihre alleinigen Kosten, zu denen auch von dem Patron des Ortes reichlich beigetragen wurde, eine neue angeschafft hat.“
24. Juni 1845 „Kirchkasten, der auch gar nicht nötig ist, weil das Vermögen dieser Kirche, da sie keine Grundstücke besitzt, und nur sehr geringe Einnahmen hat, nie so groß werden wird, dass es eines Kirchenkastens bedürfte“
31. Juli 1862 „Zu bedauern fand sich, dass in Niebendorf der kirchliche Sinn ein gesunkener ist und die äußere Heilighaltung der Sonntage wenig beachtet wird. Sehr übel wirkt in dieser Beziehung das Beispiel der Verwaltung der gutsherrschaftlichen Wirtschaft und der Ortspolizei, die nach Angabe des Pfarrers kein Bedenken getragen, in diesem Jahr einmal gar die Schafwäsche an einem Sonntag des Vormittags vorzunehmen.“